Arrêt maladie : le nouveau formulaire sécurisé s’impose aux fonctionnaires au 1er septembre 2026

À compter du 1er septembre 2026, les règles entourant les arrêts de travail changent une nouvelle fois en France. Après une première étape appliquée aux salariés du privé en 2025, c’est au tour de la fonction publique de basculer vers un formulaire sécurisé obligatoire, tandis qu’un plafonnement de la durée des prescriptions s’installe durablement dans le paysage administratif. Décryptage de ce qui change concrètement pour les agents concernés.

Un formulaire papier désormais infalsifiable

Le cœur de la réforme tient à un objet en apparence anodin : le formulaire d’arrêt de travail. Depuis le 1er septembre 2025, les salariés du secteur privé ne pouvaient plus utiliser que des avis d’arrêt établis sur un Cerfa sécurisé, doté de dispositifs anti-copie destinés à lutter contre la vente de faux arrêts maladie sur internet. Le décret n°2026-705 étend cette obligation aux agents publics à partir du 1er septembre 2026, tandis que le décret n°2026-498 précise les modalités côté secteur privé. Un médecin qui délivre encore un arrêt sur papier libre ou un ancien modèle expose désormais son patient à un refus de prise en charge par l’administration.

Une durée de prescription encadrée, pas limitée

Deuxième volet de la réforme : la durée des arrêts fait l’objet d’un nouveau plafond. Un arrêt initial ne peut désormais pas dépasser 31 jours, et chaque renouvellement est limité à 62 jours. Il ne s’agit toutefois pas d’un couperet : cette règle organise seulement le rythme des renouvellements médicaux. Un praticien reste libre de prolonger un arrêt au-delà si l’état de santé du patient le justifie, à condition de respecter les recommandations médicales en vigueur lorsqu’elles existent.

• Formulaire Cerfa sécurisé obligatoire pour tout arrêt papier dès le 1er septembre 2026 pour les agents publics
• Plafond de 31 jours pour la première prescription
• Plafond de 62 jours pour chaque prolongation
• Objectif affiché : réduire la fraude aux faux arrêts de travail

Pourquoi cette réforme maintenant

Le trafic de faux arrêts maladie, notamment via des officines en ligne, a pris une ampleur suffisante pour pousser l’administration à généraliser un outil déjà testé dans le privé. Le calendrier n’est pas neutre : ce durcissement intervient au moment où le budget de l’État fait l’objet d’un examen parlementaire particulièrement tendu, la maîtrise des dépenses d’indemnités journalières figurant parmi les leviers d’économies scrutés de près. Ce texte s’ajoute à une série de mesures entrées en vigueur en ce début septembre, aux côtés par exemple de la facturation électronique désormais obligatoire pour les entreprises françaises.

Ce que cela change au quotidien

Pour un agent public, le réflexe à adopter est simple : vérifier que le professionnel de santé consulté délivre bien un arrêt sur le nouveau formulaire sécurisé, faute de quoi l'employeur ou la caisse peut refuser le document. Comme d’autres démarches administratives resserrées cette rentrée, à l’image de la aide carburant qui vient de s’achever, le respect des délais et des formats devient central. Sur un tout autre registre, cette vague de digitalisation des procédures publiques fait écho à la manière dont un assistant IA souverain s’installe progressivement au cœur des services publics français, avec le même objectif de fiabiliser les échanges entre usagers et administration.

Questions fréquentes

La réforme s’applique-t-elle à tous les fonctionnaires ?

Oui, l’obligation du formulaire sécurisé concerne l’ensemble des agents publics dès le 1er septembre 2026, sur le modèle déjà en vigueur pour les salariés du privé depuis 2025.

Un arrêt maladie peut-il encore durer plus de 62 jours ?

Oui. Le plafond de 31 puis 62 jours encadre chaque prescription, mais un médecin peut renouveler l’arrêt aussi longtemps que l’état du patient le justifie, en respectant les recommandations médicales applicables.

Que risque un agent qui présente un ancien formulaire ?

L’administration peut refuser de prendre en compte un arrêt qui n’est pas établi sur le nouveau Cerfa sécurisé, ce qui peut retarder le versement des indemnités.

Sources

• Service-Public.fr — Fonction publique : de nouvelles règles pour les arrêts de travail
• Kohen Avocats — Arrêt maladie limité à 31 puis 62 jours : ce que change le décret
• Titrespresse — Arrêts maladie : ce nouveau formulaire sera obligatoire

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