Deux ancêtres humains « fantômes » retrouvés cachés dans notre ADN

Et si votre ADN contenait la trace d’ancêtres humains que personne n’a jamais vus ? C’est la conclusion d’une étude publiée fin juillet dans la revue Science par une équipe de l’université de Californie à Berkeley : deux populations humaines archaïques, disparues sans laisser le moindre fossile ni le moindre génome séquencé, ont bel et bien existé — et leur héritage génétique circule aujourd’hui dans le corps de chaque être humain vivant.

Jusqu’ici, l’histoire des croisements entre Homo sapiens et d’autres branches humaines s’écrivait surtout avec les Néandertaliens et les Dénisoviens, deux cousins dont on a retrouvé des ossements et pu extraire de l’ADN ancien. Mais ces deux nouveaux « ancêtres » n’ont laissé aucune trace physique : leur existence n’a été révélée que par la lecture fine du génome de centaines d’humains actuels.

Une méthode informatique pour traquer l’invisible

Pour les débusquer, les chercheurs ont mis au point TRACE (Tracking Archaic Contributions via ARG Estimation), un outil qui reconstruit les liens de parenté génétique entre des centaines de génomes humains modernes afin d’isoler des segments d’ADN qui ne correspondent à aucune lignée humaine connue. Ces fragments « orphelins » trahissent un métissage ancien avec une population qu’aucun paléontologue n’a jamais mise au jour.

Cette approche s’inscrit dans une tendance plus large : la génétique des populations s’appuie désormais sur des méthodes de calcul de plus en plus puissantes pour combler les trous laissés par un registre fossile toujours incomplet, un peu comme d’autres disciplines s’appuient sur l’intelligence artificielle pour extraire du signal de données massives.

Deux lignées, deux histoires distinctes

• Le premier ancêtre fantôme se serait croisé avec des populations humaines en Afrique il y a moins de 50 000 ans. Sa contribution représente environ 1 % du génome des humains actuels, un ordre de grandeur comparable à la part d’ADN néandertalien portée par les populations eurasiennes.
• Le second, qualifié de « super-archaïque », descend d’une lignée qui se serait séparée du reste de l’arbre humain il y a environ 1,8 million d’années. Il se serait d’abord croisé avec les Dénisoviens en Eurasie, il y a plus de 200 000 ans, avant que ces derniers ne transmettent à leur tour une partie de cet ADN très ancien à Homo sapiens.

Les deux traces fantômes se retrouvent aussi bien chez des populations africaines qu’eurasiennes, ce qui suggère qu’au moins l’une de ces rencontres a eu lieu avant même la grande sortie d’Afrique d’Homo sapiens.

Pourquoi cette découverte compte

Au-delà de l’anecdote, ce résultat rebat les cartes de l’histoire évolutive humaine. Il confirme que notre espèce ne descend pas d’une lignée unique et linéaire, mais d’un enchevêtrement de métissages avec plusieurs groupes humains aujourd’hui disparus — dont certains n’ont laissé aucun vestige que la génétique. Comprendre ces apports permet aussi d’étudier comment certains gènes hérités de ces populations ont pu influencer, au fil des générations, l’immunité ou l’adaptation de nos ancêtres à leur environnement, un sujet qui rejoint les grandes questions posées par l’évolution de notre planète et de ses écosystèmes.

Les auteurs de l’étude précisent que ces travaux ne remettent pas en cause l’existence de Néandertaliens ou de Dénisoviens : ils ajoutent simplement deux nouvelles pièces, invisibles jusqu’ici, au puzzle déjà complexe de nos origines.

Questions fréquentes

Un « ancêtre fantôme », qu’est-ce que c’est exactement ?

C’est une population humaine ancienne dont on ne connaît l’existence que par les traces qu’elle a laissées dans l’ADN des humains actuels, faute d’ossements ou de génome ancien directement séquencé.

Ces ancêtres correspondent-ils à une espèce humaine déjà identifiée, comme Homo erectus ?

Non. Les chercheurs ne peuvent pas encore les rattacher avec certitude à une espèce connue du registre fossile ; ils ne disposent que de leur signature génétique et d’une estimation de la date de séparation avec les autres lignées humaines.

Cette découverte va-t-elle changer les manuels d’histoire de l’évolution humaine ?

Elle ne les réécrit pas totalement, mais elle enrichit le scénario : l’histoire d’Homo sapiens apparaît plus buissonnante, faite de plusieurs rencontres avec des groupes humains aujourd’hui totalement disparus.

Sources

• UC Berkeley News — New technique pinpoints human DNA inherited from ‘ghost’ ancestors
• ScienceDaily — Scientists found two mysterious ‘ghost’ ancestors hiding in our DNA
• Le Devoir — Le génome humain contient des gènes plus archaïques que ce qu’on avait imaginé

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Jeanne Talleau

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